ＪＲ貨物は３月１６日、青函トンネル区間における新幹線と貨物列車の共用走行に伴い、北海道発着のコンテナ貨物に対し、１２フィートコンテナ換算１個あたり１０００円の「青函付加料金」を４月１日から導入すると正式に発表した。北海道支社管内発着の全ての貨物が対象となり、金額は１２フィートコンテナ１０００円、２０フィートコンテナ２０００円、 ３１フィートコンテナ２５００円。割増・割引適用貨物も対象となるが、危険品などで東青森・函館貨物間の連絡運輸を利用する貨物は除かれる。約款類改正 で貨物運送約款および貨物運賃料金表に、この料金の記載を追加する改正を行う。同付加料金は少なくとも３年間適用され、平成３１年４月１日以降は、その後の状況に応じて扱いを検討する。
　同社は、３月２６日から開始となる青函トンネル区間における新幹線と貨物列車の共用走行に伴い、ＥＨ８００形式交流電気機関車の投入や機関区改修工事、駅基地整備、地上設備駅作業など、総額約１６０億円にのぼる設備投資を実施する。同社では「この先例のない共用走行の安全性を最大限確保しつつ、北海道物流における鉄道貨物輸送への期待に応え、将来にわたりこれを維持・発展させていくため、青函付加料金を導入することとした」としている。

　道内の物流業界では、北海道新幹線の開業に伴い、青函トンネル区間で共用走行する貨物列車に悪影響が及ぶことを懸念する声が強かったが、青函付加料金により、これが早くも現実となった。
　多額の設備投資を行うＪＲ貨物に対し、道内では「付加料金は仕方がない」と理解する声は聞かれず、「戸惑い」か「憤り」の声がほとんどだ。多くの利用者が十分な説明を受けないまま、強制的に付加料金が決まってしまったからだろう。
　深刻なのは、「北海道の鉄道輸送にかかる物流コストが、有無を言わさず高くなる」ことだ。荷主や消費者が納得して負担した場合、物流コストの上昇が商品価格に転嫁され、結果、北海道産品の競争力押し下げや、道外からの商品価格の値上がりにつながりかねない。また、最も懸念するのは、物流事業者がコスト上昇分を一方的にかぶる場合で、すでにこれを心配している関係者も多い。
　北海道でのＪＲ貨物のコンテナ輸送はこの１０年間、２５０万〜２８０万トンの間で安定しており、北海道経済にとっての重要なインフラとなっている。青函付加料金は、北海道経済全体にとって少なからぬ「負荷」となることは確実で、自動的なコスト上昇に伴ってＪＲ貨物の利用について「不可」と判断し、フェリーやＲＯＲＯ船の活用を増やす荷主・物流事業者が出てくることも予想される。
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