特殊車両通行許可が認めらないまま運行すれば、どんな理由であっても違反（車両制限令違反）となり、高速道路では大口・多頻度割引停止措置や道路管理者から措置命令（高速道路上で入り口でのＵターンや最寄りのインターチェンジからの退行を命じられる）、地方整備局ホームページなどで、違反事業者に対してどんな是正指導をしたのか公表される。

　無許可、または許可条件に反した制限値違反、通行許可証不携帯などでは１００万円以下の罰金となり、道路管理者などからの措置命令違反、または車両の通行が禁止・制限されている区間での違反に対して６か月以下の懲役または３０万円以下の罰金などに処せられる。

　最近では特に道路管理者による違反取り締まりなども頻繁に行われていて、特車通行許可は荷物の依頼主も厳しく確認されているようだ。こうした中で、特車の通行許可は厳しく取り締まられているため、地方整備局などでは通行許可証申請が混雑し、専門家によれば通常の特車申請でも約２か月間を要するとされている。超巨大貨物（一般的制限値を超える）の列車や風車などの輸送では通常の長さ・軸重・幅を超えてしまうことから、通行できる道路も限られる。そのため、重量物を専門とする運送会社などでは「通行許可取得まで約半年の期間が必要で、あまりにも時間がかかりすぎる」と話す。

　大阪市に本社を構える運送Ａ社では「今夏、列車数十台の輸送を依頼され、当社では半年前から申請手続きを行っている。もし（通行許可の取得）時期が遅くなり、輸送依頼の日時に合わせられなければ、予定が大きく変わってくることから、専門家に依頼しているものの、（通行許可取得）時期が明確でないので不安はある。荷主企業もある程度は時期を考慮し、半年以上前には輸送依頼をしてくるものの、申請状況や混雑状況なども関わるので、当社では超大型貨物の輸送依頼には細心の注意を払っている」と話す。

　また、大阪府で風車（風力発電用）の輸送を行う運送Ｂ社でも、「依頼を受けている輸送は半年以上も先になるが、通行できる道路などの調査も必要で、許可が認められる時期が定かでないので出来る限り早い段階で準備を進めている。しかし、申請書類に間違いなどがあれば、再度、申請手続きとなることから不安はある。超大型貨物に関しては、長さ・高さ・重量を考えれば通行できる道路が限られており、手間と時間が一般の特車通行許可よりかかることから、年々特車通行許可の申請が厳しくなっており、輸送だけでなく、こうした通行許可などでも悩まされる」と語った。

　Ｂ社社長は「超巨大貨物は通行できる道路が限られているのは当然のことなので、通行許可は、もう少し簡素化されないものかと思う」と頭を抱えている。輸送だけでも大掛かりなうえに通行許可でも大量の資料・時間を要することから重量物輸送を展開する運送会社は、特車の通行許可などの申請の簡素化を望んでいるようだ。